Инкубационный период заболевания в среднем составляет 2 недели, после чего проявляются первые признаки заболевания клещевой энцефалит — больной начинает отмечать симптомы легкого недомогания: слабость, повышенную утомляемость и боли в мышцах.

Первые признаки клещевого энцефалита очень похожи на начало обычного простудного заболевания. Но на смену этим проявлениям через несколько дней приходят резкое повышение температуры, озноб, головная боль и рвота, не приносящая никакого облегчения. Одновременно с признаками общей интоксикации организма развиваются и признаки заболевания клещевым энцефалитом, связанные с поражением центральной нервной системы. Больной не в состоянии оторвать голову от подушки, его сознание затуманено, а все действия заторможены. Нередко отмечаются галлюцинации, бред, бессвязность речи и хаотичность движений.

На 3-4 день на фоне общих инфекционных и мозговых симптомов возникают первые признаки энцефалита, связанные с поражением отдельных участков мозга (очаговая симптоматика). Наиболее характерными признаками клещевого энцефалита являются параличи мышц шеи, плеч и отдельных областей лица. Больной не в состоянии удерживать голову, плечи его опускаются, руки бессильно свисают вдоль туловища, а глаза закатываются вверх.

«Западный» вариант течения клещевого энцефалита характеризуется достаточно благоприятным течением, на Востоке заболевание часто протекает с тяжелыми поражениями ствола мозга, проявляющимися нарушением жизненно важных функций организма – дыхания и кровообращения, и нередко приводит к смерти больного.
Клещевой энцефалит иногда сопровождается образованием спаек в головном мозге, где вирус может длительное время сохраняться и вызывать периодические обострения заболевания. Хронический клещевой энцефалит развивается спустя 3-6 месяцев после острого заболевания, характеризуется стойкими парезами и параличами и развитием кожевниковской эпилепсии – патологии, проявляющейся постоянными судорогами, мышечной дрожью в одной половине тела или руке, которые периодически переходят в генерализованный эпилептический припадок.

После перенесенного клещевого энцефалита у человека развивается стойкий и длительный иммунитет, в случае укуса клеща повторного развития заболевания не происходит.